北京市水科学技术研究院具备完善的资质体系，持有多项工程设计、咨询、检测等资质证书，为承接各类水务工程项目提供有力的资质保障。
市政公用工程设计甲级
水利水电工程设计甲级
风景园林工程设计专项
环境工程设计专项
工程咨询甲级（水利水电）
建设项目环境影响评价
水土保持方案编制甲级
测绘资质（乙级）
CMA水质检测资质
CMA土壤检测资质
CNAS实验室认可
水利工程质量检测（岩土类）