水科院现有在职职工300余人，其中具有高级专业技术职称人员占40%以上，硕士及以上学历占68%。拥有享受国务院政府特殊津贴专家12人，北京市有突出贡献中青年专家8人，"科技北京"百名领军人才3人。
近年来，水科院大力引进高层次人才，加强与国内外知名高校、科研机构的合作交流，建立了一支结构合理、充满活力的高素质科研团队，为推动北京水科技创新提供了坚实的人才保障。
长期从事地下水资源评价与保护研究，主持国家重点研发计划项目多项，发表SCI论文60余篇。
水环境治理领域权威专家，主导完成北京市多条重要河流黑臭水体整治工程，获北京市科技进步一等奖。
湿地生态研究专家，主持建立湿地生态功能评估体系，成果在全市推广应用，享受国务院特殊津贴。
海绵城市建设领域专家，主编行业标准3项，参与北京市海绵城市建设规划编制工作，成果获市级奖励。
节约用水领域专家，主持制定北京市多项用水定额标准，推动北京节水型社会建设工作。
河道生态修复专家，负责永定河、潮白河多段生态修复工程设计与实施，效果获社会广泛好评。
水土保持与小流域治理专家，长期扎根山区一线，指导完成山区小流域综合治理项目50余项。
水质检测与污染物溯源专家，主持建立北京市水质综合检测技术体系，参与水污染防治重大专项研究。
水科院高度重视人才培养工作，建立完善的人才培养体系。通过举办学术报告、专题培训、技术交流等多种形式，不断提升科研人员的业务水平和创新能力。
支持职工在职攻读硕士、博士学位，与多所高校建立联合培养合作关系
每年选派优秀科研人员赴海外高校、科研机构开展访学交流，拓宽国际视野
建立完善的科技成果转化激励机制，对突出贡献人才给予重奖，营造良好科研氛围